Bioteknologi merupakan perpaduan dari berbagai cabang ilmu yang mempelajari pemanfaatan makhluk hidup (bakteri, hewan, tumbuhan) dan materi biologis (virus, prion), serta produk dari makhluk hidup (protein, enzim, senyawa aktif) dalam proses produksi untuk menghasilkan barang dan jasa. Perkembangan bioteknologi saat ini tidak hanya bertumpu pada ilmu biologi semata, tetapi juga melibatkan ilmu-ilmu terapan dan ilmu murni lainnya, seperti biokimia, biologi molekular, mikrobiologi, genetika, kimia, komputer, matematika, dan sebagainya.

Program Studi Bioteknologi Universitas ‘Aisyiyah Yogyakarta dikembangkan dengan fokus pada pemanfaatan ilmu bioteknologi dalam eksplorasi sumber daya hayati tropis untuk mewujudkan ketahanan pangan berkelanjutan yang berlandaskan nilai-nilai Islam berkemajuan. Sejalan dengan visi tersebut, kajian bioteknologi di program studi ini diarahkan pada dua bidang konsentrasi utama, yaitu Bioteknologi Kesehatan dan Bioteknologi Pertanian, yang saling mendukung dalam menghasilkan inovasi berbasis keilmuan dan nilai-nilai keislaman.

Program Studi Bioteknologi ini didirikan berdasarkan Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor 109/KPT/I/2016 dan resmi berdiri pada tanggal 10 Maret 2016.