Program Studi Bioteknologi UNISA secara resmi bekerjasama dengan beberapa instansi terkait di dalam negeri diantara yaitu :

1. Universitas Ahmad Dahlan (UAD)
2. Center for Development of Advanced Science and Technology (CDAST), Universitas Jember
3. Institut Teknologi Bandung (ITB)
4. Program Studi S1 Bioteknologi Fakultas Bio Sains, Institut Bio Scienta Internasional Indonesia (i3L University)
5. Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (UMY)
6. Universitas Muhammadiyah Bandung (UMB)
7. Konsorsium Biologi Indonesia (KOBI)
8. Ikatan Program Studi Bioteknologi Indonesia (IPSBI)
9. Perhimpunan Mikrobiologi Indonesia (PERMI)
10. Musyawarah Guru Mata Pelajaran (MGMP) Biologi SMA dan MA Propinsi DIY
11. Pusat Riset Teknologi dan Proses Pangan Badan Riset dan Inovasi Nasional (PRTPP BRIN)
12. PT Widya Teknologi Hayati (Widya Life Science)
13. PT Turrima Agro Mas (Turrima–AgroBiotech)
14. PT Biotek Cipta Kreasi
15. Pemerintah Kota Yogyakarta
16. Desa Ledoknongko, Turi, Sleman

Program Studi Bioteknologi UNISA juga menjalin kerjasama dengan beberapa instansi yang ada di luar negeri, diantaranya yaitu :

1. Universiti Malaysia Pahang Al-Sultan Abdullah (UMPSA), Malaysia
2. Universiti Tun Hussein Onn Malaysia (UTHM), Malaysia
3. Ibaraki University, Jepang
4. Universiti Teknologi Malaysia (UTM), Malaysia
5. School of Applied Science, Nanyang Polytechnic Singapura (NYP), Singapura (dalam proses)
6. Mindanao State University (MSU), Filipina
7. University of Leeds (UoL), United Kingdom